Shawn participó en la Royal Rumble Match 2007 siendo el último eliminado, haciendo un gran combate; el match fue ganado por The Undertaker. En New Year's Revolution, el compañero de Michaels, Triple H, sufrió una lesión en sus cuádriceps durante su lucha con Rated-RKO (Edge y Randy Orton). A pesar de eso, Triple H aplicó un "Pedrigree" en la mesa de comentaristas a Edge, mientras que Michaels aplicó un "Diving Elbow Drop" a Orton en la otra mesa de comentaristas.
El 29 de enero de 2007 en Raw, Michaels ganó el Campeonato Mundial en Parejas con John Cena, después de derrotar a Rated-RKO.Semanas después derrotó a los dos miembros de Rated-RKO en una triple amenaza, ganando una oportunidad por el Campeonato de la WWE en WrestleMania 23. El 1 de abril en WrestleMania 23, John Cena derrotó a Michaels, con el Campeonato de la WWE en disputa, después de que Michaels se rindiera con la "STFU".La noche siguiente en Raw, Michaels y Cena perdieron los campeonatos en parejas con The Hardys, en una Battle Royal, después de que Michaels eliminara a su propio compañero,pero se vengó de Cena derrotándolo en un combate que fue elegido como en mejor del año y duro más de una hora, . Michaels fue derrotado nuevamente por John Cena, junto con Edge y Randy Orton, en Backlash por el Campeonato de la WWE.
The Great Khali derrotó a Michaels, después de aplicar una "Giant Chokeslam" en Michaels, hacia una mesa de comentarios. En Judgment Day, Michaels fue derrotado y lesionado por Randy Orton, sacándolo de la acción por casi 5 meses.
Michaels regresó el 8 de octubre en RAW, aplicando su "Sweet Chin Music" al nuevo Campeón de la WWE, Randy Orton.En Cyber Sunday, Michaels derrotó a Randy Orton por el Campeonato de la WWE, pero por descalificación, lo que no le permitió ganar el campeonato.
En Cyber Sunday, Michaels derrotó a Randy Orton por el Campeonato de la WWE, pero por descalificación, lo que no le permitió ganar el campeonato.Michaels recibió su revancha en Survivor Series, pero fue obligado a no poder aplicar la "Sweet Chin Music", por lo cual fue derrotado por Randy Orton, con el Campeonato de la WWE en disputa, después de recibir el conteo de 3 con un "RKO".
En el evento Armageddon, Michaels derrota a Mr. Kennedy tras aplicarle su famosa "Sweet Chin Music".